शैवालों को मुख्य रूप से प्रकाश संश्लेषी, संचित भोज्य पदार्थ, कोशिका भित्ति की संरचना तथा कशाभ की उपस्थिति, अनुपस्थित एवं संख्या के आधार पर वर्गीकृत करते हैं। ह्रीटेकर वर्गीकरण के अनुसार शैवालों को तीन प्रमुख भागों में बांटते हैं।
1)- क्लोरोफाइसी
2)- फिओफाइसी
3)- रोडोफाइसी